Los archivos que utiliza eMule para gestionar las descargas se dividen principalmente entre los datos temporales y los archivos de configuración que permiten el funcionamiento del protocolo.Cuando se inicia una descarga, el programa crea en la carpeta temporal tres archivos básicos con el mismo número de identificación pero distintas extensiones.
El archivo con extensión .part contiene los datos binarios que se van descargando de forma fragmentada, ocupando desde el inicio el tamaño total que tendrá el archivo final para reservar el espacio en el disco duro.
Junto a este, el archivo .part.met almacena los metadatos de la descarga, como el nombre original, el hash identificativo y el estado de las partes completadas, mientras que el archivo .part.met.bak sirve como copia de seguridad en caso de que el anterior se corrompa por un cierre inesperado del equipo.
En la carpeta de configuración, el archivo más relevante es el preferences.dat, que guarda el hash de usuario necesario para mantener los créditos en las colas de otros clientes. Perder este archivo implica empezar de cero en el sistema de prioridades de la red.
También es común encontrar archivos con extensión .ini, como el preferences.ini, donde se almacenan los ajustes de los puertos TCP y UDP, los límites de ancho de banda y las rutas de los directorios. Otros archivos importantes para el tráfico de datos son el server.met, que contiene la lista de servidores conocidos y sus direcciones IP, y el nodes.dat, que cumple una función similar para la red Kad al permitir el contacto inicial con otros nodos sin necesidad de servidores centrales.
Para el filtrado de seguridad, se utilizan archivos con extensión .dat o .p2p, como el ipfilter.dat, que bloquea rangos de direcciones IP no deseadas. Al completar una descarga, eMule procesa los fragmentos del archivo .part basándose en la información del .part.met para reconstruir el archivo original con su extensión correspondiente, ya sea de video, audio o software, y lo mueve automáticamente a la carpeta de archivos entrantes.
Si una descarga aparece como errónea, suele deberse a una inconsistencia en el archivo .part.met, lo que a veces obliga a usar herramientas externas de recuperación para intentar reconstruir los punteros de los datos descargados.